Lavez les courgettes et les aubergines et coupez-les en deux, puis en tranches de 1/2 cm d'épaisseur. Pelez les oignons et l'ail, émincez-les. Coupez les poivrons en fines lamelles.
Faites chauffer 2 cuillerées d'huile dans une sauteuse, mettez l'ail et l'oignon à revenir doucement 5 min, puis retirez-les. Ajoutez un peu d'huile, faites sauter les courgettes 5 min, retirez-les, remettez de l'huile et faites sauter les aubergines. Retirez-les, faites revenir les tomates cerises dans le reste d'huile, sans qu'elles éclatent. Égouttez et réservez-les. Remettez dans la sauteuse tous les autres légumes.
Salez, poivrez, parsemez de thym, couvrez et laissez mijoter 10 min. Ajoutez les tomates cerises dans la sauteuse, poursuivez la cuisson 5 min.
Pendant ce temps, faites cuire les penne 10 min dans une grande quantité d'eau bouillante salée et égouttez-les. Versez-les dans un grand saladier, arrosez-les d'un filet d'huile, mélangez.
Versez la ratatouille cuite (mais un peu croquante) sur les pâtes, mélangez, décorez avec les boules de mozzarella et des feuilles de basilic, servez tiède.
Part 4